A implantação do PNHAH é compartilhada pelo Ministério da Saúde, Secretarias Estaduais e Secretarias Municipais de Saúde (municípios que possuem hospitais participantes do Programa com gestão plena). 
 
A coordenação e condução nacional do PNHAH estão a cargo do Comitê Técnico de Humanização, designado pelo Ministério da Saúde.  
 
Na implantação do Programa foram formados Grupos de Capacitadores, distribuídos por todas as regiões do Brasil, sendo estes grupos compostos por profissionais capacitadores, contratados pelo Ministério da Saúde, e por representantes das secretarias estaduais e municipais de saúde. 
 
Os Grupos de Capacitadores são responsáveis pela divulgação do PNHAH no âmbito de cada região. Com o apoio logístico das Secretarias de Saúde que participam do Programa e com a participação dos representantes destas Secretarias já capacitados pelas equipes de consultores, os grupos de capacitadores são responsáveis pela capacitação técnica dos representantes dos hospitais e pelo acompanhamento e supervisão do trabalho realizado nos hospitais participantes. 
 
Os multiplicadores têm como função a criação de um Grupo de Trabalho de Humanização em cada um dos hospitais, constituído por lideranças representativas do coletivo de profissionais, cujas tarefas são: difundir os benefícios da assistência humanizada; pesquisar e levantar os pontos críticos do funcionamento da instituição; propor uma agenda de mudanças que possam beneficiar os usuários e os profissionais de saúde; divulgar e fortalecer as iniciativas humanizadoras já existentes; melhorar a comunicação e a integração do hospital com a comunidade de usuários. 
 
As diversas instâncias acima discriminadas (a saber: Comitê Técnico, Grupos de Capacitadores, Secretarias de Saúde, Grupos de Trabalho de Humanização) estão permanentemente integradas à Rede Nacional de Humanização, criada no segundo semestre de 2001. 
 
A Rede Nacional representa um instrumento fundamental para a consolidação do trabalho de humanização desenvolvido em cada localidade, uma vez que possibilita o intercâmbio constante de idéias, estratégias, informações relevantes, além de garantir o apoio e ressonância necessários a cada iniciativa. Sua função é permitir a troca de informações e experiências entre os hospitais participantes e garantir que outros hospitais se interessem pelas mesmas e entrem para o Programa. 
 
A construção da Rede Nacional de Humanização se dará de forma gradual, incluindo sucessivamente: as instituições públicas de saúde que participam da primeira fase do PNHAH, entidades da sociedade civil e demais hospitais da rede pública que manifestarem interesse em participar do Programa. 
 
A Rede Nacional, tendo em vista sua função primordial de intercâmbio de informações, conta com um portal, no qual, além de se obter informações sobre humanização e o andamento do Programa, pessoas e hospitais interessados podem se cadastrar para receber mais informações via E-mail, tais como eventos ligados à humanização, textos e etc., hospitais podem relatar suas experiências em humanização e profissionais capacitados podem ser contatados para darem supervisão aos hospitais interessados em humanização, via internet.  
 
Outro dispositivo pertencente à Rede Nacional é o material de informação e capacitação (manuais, vídeos, relatórios e publicações oficiais), distribuído pelos Grupos de Capacitadores aos hospitais e Secretarias participantes do Programa e às instituições que queiram receber informações para utilização e participação na rede virtual. 
 
O desenvolvimento do trabalho nos hospitais e secretarias de saúde será permanentemente acompanhado e avaliado pelo Comitê Técnico organizador. A avaliação, que pretende mapear os resultados do Programa, contará com um questionário aplicado no início e no final dos trabalhos, em cada um dos hospitais participantes. 
 
É de fundamental importância reconhecer e estimular as iniciativas de humanização, valorizar as instituições e os profissionais competentes e compromissados com o tema. Mais do que isso é desejável que o hospital verdadeiramente humanizado receba um tratamento diferenciado por parte dos gestores públicos de Saúde e dos órgãos governamentais e tenha prioridade no estabelecimento de contratos e convênios no futuro. 
 
Com este intuito, o PNHAH concederá o título de "Hospital Humanizado", pelo prazo de um ano, aos hospitais cujo padrão de assistência e funcionamento global estejam em conformidade com os indicadores de humanização e os princípios e diretrizes do PNHAH.